Музей расположен в Армянских домах на Большой рыночной площади. Экспозиция разделена на три части: историческая, посвященная истории Замостья, роду Замойских и Замойской ординации, археологическая и этнографическая.
Самым интересным экспонатом на выставке «Замостье, Замойские и Замойская ординация 1580-1939 гг.» является макет Замостья XVII века. Кроме того, на ней представлены картины, в том числе, большая коллекция портретов ординатов, мебель и оружие разных эпох. Значительное место отведено Замойской академии и академической типографии.
На выставке «Замойщина в древности и раннем средневековье» кроме экспонатов периода мезолита до средневековья можно увидеть фотографии городищ Замойщины. В то же время на выставке «Народное искусство Замойщины» - костюмы, сельскохозяйственный инвентарь и народное искусство XVIII - XX века.
Кроме постоянной экспозиции музей организует также интересные временные выставки.
Дополнительным преимуществом Замойского музея являются внутренние интерьеры с сохранившимися элементами старой кладки, фресками и деревянными перекрытиями.
Этот объект присутствует также в маршрутах осмотра с аудио записями